Il sistema informativo (art. 1) assicura la raccolta, la gestione e l'interscambio di informazioni tra l'operatore alimentare e le autorità competenti del settore veterinario, dati ai quali possono accedere tramite credenziali individuali (art. 2). Il veterinario aziendale, in particolare, "inserisce i dati tempestivamente e comunque non oltre i 7 giorni dall'evento", fatti salvi i termini per la registrazione dei trattamenti farmacologici (24 ore, come stabilito da D.Lgs. 158/2006). In ogni caso, le modalità tecniche e funzionali per l'inserimento dati verranno definite da un apposito manuale operativo del Ministero della Salute, da adottare entro 180 giorni dall'entrata in vigore del decreto.
Numerosi i compiti del veterinario aziendale (art. 4) tra i quali, sinteticamente: garantire la qualifica sanitaria dell'azienda, assicurare il rispetto delle disposizioni circa la notifica obbligatoria malattie infettive degli animali; ancora,  offrire assistenza nella tenuta delle registrazioni obbligatorie, nella redazione dei piani aziendali volontari e nell'identificazione degli animali, oltre ad assicurare l'accertamento della causa di morte. Il medico deve poi fornire supporto in materia di impiego dei medicinali veterinari, e assicurare buone pratiche per controllare l'antimicrobico resistenza.
Inoltre, il veterinario aziendale è responsabile (art. 5) della verifica e della corretta immissione nel sistema delle informazioni dell'operatore alimentare relative all'azienda. In generale, periodicamente verranno disposte attività di verifica (art. 6) da parte delle autorità competenti.